1. Lo mejor es salir de San Juan de Ortega con algo de agua y provisiones para el primer tramo, ya que Agés está a unos 3,5 km y suele ser el primer lugar adecuado para hacer una parada. La etapa no presenta grandes problemas de orientación, pero sí requiere dosificar bien las fuerzas, sobre todo antes de la subida a la Sierra de Atapuerca.
2. Agés es un buen lugar para desayunar o hacer una breve parada antes de continuar hacia Atapuerca. Al igual que ocurre en muchos pueblos pequeños del Camino, se recomienda no fiarse de horarios concretos sin comprobarlos antes, sobre todo fuera de temporada.
3. En Atapuerca conviene prepararse para la subida al puerto. No es un ascenso largo, pero el terreno pedregoso, la falta de sombra y la exposición al sol o al viento pueden hacer que resulte más duro de lo esperado. En días de calor, es recomendable llevar agua suficiente y no recorrer este tramo con prisas.
4. El descenso de la Sierra de Atapuerca requiere precaución. El terreno irregular y las piedras sueltas pueden afectar a las rodillas y los tobillos, sobre todo si se camina con una mochila pesada o si el suelo está mojado. Se recomienda descender con calma y utilizar bastones de senderismo si estás acostumbrado a ellos.
5. El principal punto de decisión del día se encuentra tras Orbaneja Riopico. La ruta tradicional continúa hacia Villafría y entra en Burgos por la Avenida de Vitoria, atravesando un corredor industrial y urbano. Es una opción directa y señalizada, pero puede resultar larga y monótona.
6. La variante de Castañares alarga un poco el recorrido, pero suele ser más recomendable para muchos peregrinos, ya que permite llegar a Burgos por el paseo ribereño del río Arlanzón. Es una llegada más cómoda, más tranquila y con menos tráfico.
   
   
7. Para ir en bicicleta, la etapa es factible, aunque el tramo de subida y bajada por la Sierra de Atapuerca puede resultar incómodo debido al terreno pedregoso. Si llueve o hay barro, conviene plantearse alternativas más aptas para la bicicleta. Para llegar a Burgos, la opción que pasa por Castañares y el paseo fluvial suele ser más agradable.

Si deseas visitar los yacimientos de Atapuerca, es importante que lo planifiques con antelación. No se trata de una visita que se pueda improvisar durante la etapa en sí y, por lo general, es necesario reservar con antelación.